Столкнулся с ситуацией на parrot linux (основан на базе Debian) (да, дистр выбран осознанно), когда многие программы не сохраняют настройки и профили. Например: Linphone, QOwnNotes. Не первый день общаюсь с Linux, но с такой проблемой ещё не сталкивался. На примере Linphone конфиги сохраняются в папку /home/username/. Под рутом прога работает идеально, а вот под юзером нет. Права доступа на папку проверял, аномалий не обнаружил. По логам прога жалуется на то, что не может переименовать файл linphonerc.tmp в linphonerc, которые находятся в папке /home/username/.