У меня был раздел /dev/sda5 на 50Гб. Я удалил другой раздел, размером 66Гб и расширил за его счёт раздел /dev/sda5. В итоге каким-то образом у меня оказалось занято на /dev/sda5 71Гб:

# df -h | head -1 && df -h | grep /dev/sda5
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda5       116G   71G   45G  62% /

При этом реально файлов на разделе всего 31Гб:

# du -hs /
31G	/

Перезагрузка не помогла. fsck ошибок не выдаёт, SMART тоже. Файловая система f2fs.