Что-то много развелось нынче разных мест, в которых могут быть прописаны или откуда какие-нибудь программы/скрипты могут стартовать автоматически. В этом отношении Linux сделался похож на винду.

Уже не уверен, что все их знаю. Решил составить список, может кто чего скажет ещё по его поводу. Поскольку ориентируюсь на Debian, не исключено есть какие-то особенности в иных дистрах.

1. /etc/init.d  — (rc.0-6) — классическое место для init-скриптов для запуска разных демонов. + rc.local
2. cron — /etc/crontab запуск чего-то по расписанию кроном и его клонами.
3. /etc/systemd/system — сервисы, которые запускает systemd
4. etc/xdg/autostart/ — приложения, запускаемые при загрузке десктопа, а вообще есть (но может и не быть, но автозагрузка иметься) системная переменная $XDG_CONFIG_DIRS
5. /etc/profile, а также скрипты внутри /etc/profile.d — запускаются bash подобными оболочками.
6. ~/.bashrc ~/.profile и ~/.bash_logout при разлогинивании
7. /etc/X11/xinit/xinitrc — запускается X-ами, но если есть ~/.xinitrc запускается он.
8. /etc/X11/xinit/xserverrc — тоже может запускаться
9. /etc/gdm3/Xsession (gdm — для старых) если gdm3 менеджер, соответственно есть ещё: /usr/share/config/kdm/Xsession и другие
10. Автозапуск графическими оболочками, кроме автостарта десктопа есть ещё, например, автозапуск гномом (и прочими), например для гнома и кде в /usr/share/applications и для текущего пользователя в ~/.config/autostart/ для кде ещё и в ~/.config/plasma-workspace/shutdown и ~/.config/plasma-workspace/env
11. Вообще в графических оболочках может быть дохренища всяких автозапусков на разные случаи прописано в отдельных настройках, например, в гномореестре: скринсейверы, приложения при нажатии кнопки Power и т.д.
12. Модули ядра. Загрузка прописывается в /etc/modules — сами модули лежат в подкаталогах /lib/modules/`uname -r`/ с расширением .ko
13. Может быть раздел в (U)EFI — BIOS, оттуда что-то тоже может стартануть, причём даже после загрузки ядра, если правильно понял. Как фича работает пока толком не понял.
14. /etc/udev/rules.d — менеджер устройств в Linux.