Как заставить deadbeef открываться поверх остальных окон?

Правила поведения окон крутить.

Остальные приложения открываются как надо. И другие плееры, и мессенджеры, и всё остальное.

Наверное зависит от de/wm. В MATE в меню заголовка окна.

Гном наверно какой нибудь с куцым вм. Смотри тогда https://github.com/DeaDBeeF-Player/deadbeef/issues/1987

это какая-то новая проблема, которую пока никто не репортил. так что советую открыть новый баг, с подробным описанием – какая ОС, какие настройки, и что надо делать чтобы воспроизвести. тогда будет вероятность, что к очередному релизу кто-то воспроизведет и исправит.

(другой баг на который выше ссылка – не про это, он проявляется только при использовании global hotkey)

Может быть приложение, которое отображается поверх deadbeef себя так ведёт? А что в случае окон других приложений?

В любом случае это зависит от wm.

Похоже это косяк этого дополнения.