В общем, говорят, что сабжевый вопрос вполне решаемый, но я пока ещё не настолько хорошо знаю git.
Итак, что дано? Создаём git'овый репозиторий. В директорию project извлекаем исходники из тарбола. Добавляем ещё файлов. Создаётся свой уникальный .git с историей.
Потом, внезапно, надо перейти на другую форму репозитория. То, что извлекалось из тарбола, клонируется из git'ового репозитория прямо в корень (с потерей прежней директории .git), но сюда же нужно добавить и прежнее дерево другой веткой, чтобы старая история также добавилась в новую, при этом из старой истории в новое дерево извлекаются директория и ряд файлов.
Есть подсказка: несовместимые истории тут можно объединить через git merge с ours без коммита (но я пока плохо понимаю что это значит).