по какому каналу уходит почта

По самому красивому :) Это все что можно понять с твоего описания.

например по хедерам на принимающей стороне...

надо посмотреть, какой dns прописан в resolv.conf на сервере

уточню, при помощи скрипта проверяется существование канала до провайдера 1, если он отвалился то весь траффик Инета и почта отправляется через провайдера 2 (заменятся dns и шлюз по умолчанию), при оживлении канала до провайдреа 1 - все возрващается для работы через него,

вопрос как проверить, что почта пошла через провайдера 1, а не через провайдера 2? - не прибегая к помощи принимающей стороны?

tcpdump -ni нужный_eth tcp and port 25

man route
ну и общее представление что такое MX.

через шлюз по умолчанию

разве ты не знал? ;)