mysql> drop table logs;
Query OK, 0 rows affected (0.01 sec)
mysql> CREATE TABLE `logs` ( ... ) ENGINE=InnoDB
ERROR 1050 (42S01): Table './billing/logs' already exists
rdx /var/lib/mysql/billing # ls logs*
ls: невозможно получить доступ к logs*: Нет такого файла или каталога
MyISAM нормально создаются.