iproute2

> Какая разница в работе этих двух вариантов?
Почитайте тут, думаю все станет ясно:
http://www.wlug.org.nz/ip(8)
"equalize", как я понимаю будет работать только с этим патчем:
http://trash.net/~kaber/equalize/equalize_2.4.18.patch

> Какой из них лучше отвечает требованию балансировать входящий трафик а не выходящий?
Оба варианта - это команды для задания "правил" маршрутизации, которая конечно же будет применяться именно при определении маршрута для пакета. А теперь подумайте для какого трафика вашему шлюзу нужно определять маршрут: для входящего, который уже и так пришел, или для исходящего, которому как раз и нужно идти дальше ? (с точки зрения прохождения по данным 2-м линкам)

> Если эти варианты не балансируют входящий то как этого добиться?
Напрямую - нет, но косвенно - можно: обычно 2 линка бывает к 2-м провайдерам, которые выдают разные IP. Соответственно откуда ушел пакет - туда и вернется, если выпускать пакеты куда нужно, то и приходить они тоже будут откуда нужно :-)