как правильно организовать доступ через sftp chroot к общей папке?

Но при монтировании в /home/user2/data пропадает связь в /home/user1/data с каталогом /data, то есть мультимонтирование одного каталога не получается.

А как именно ты пытаешься его примонтировать?

Надо примонтировать каталог /data каждому пользователю в домашнюю директорию
mount --bind /home/userX/data /data

Эммм... Ты делаешь абсолютно не то. Надо: mount --bind что куда

В твоём случае надо:

mount --bind /data /home/userX/data

ну тут у тебя две задачи:

1. сначала надо смонтировать:

mount --bind /data /home/user1/data
mount --bind /data /home/user2/data

2. а потом уже регулировать доступ правами.

Если хочется что-бы user1 имел доступ к файлам user2 (и наоборот), но только внутри /data, то нужно поставить на /data SETGID, а также создать группу user12, для /data. Тогда все файлы и каталоги в /data будут иметь группу user12 (не зависимо от того, кто их создал). Если вдобавок хочется, что-бы был доступ по записи для других пользователей, то вдобавок надо сменить umask с 0022 на 0002. Тогда запись(точнее модификация) файлов будет доступна группе, а т.к. группа у нас user12, то user1 сможет модифицировать файлы user2 и наоборот, но только в /data. В других каталогах группа будет не user12, а например user1, и user2 не сможет получить доступ к файлам user1.