По отдельности с дефолтными конфигами работают, а вместе не хотят, делал по этому мануалу https://wiki.archlinux.org/index.php/DNSCrypt
Система gentoo
/etc/dnsmasq.conf
no-resolv
no-hosts
server=127.0.0.2#2053
listen-address=127.0.0.1
proxy-dnssec
/etc/conf.d/dnscrypt-proxy
DNSCRYPT_LOCALIP=127.0.0.2
DNSCRYPT_LOCALPORT=2053
/etc/resolv.conf
nameserver 127.0.0.1