1) Вешаем шейпер на какой-нибудь сетевой интерфейс (ethX,bondX)
2) создаем в нем vlan-ы
3) обнаруживаем, что трафик идущий в vlan-ы шейпится!
С одной стороны трафик vlan-а никаким местом не относится к «родительскому» интерфейсу .
С другой стороны - халявный шейпер на несколько подсетей без потусторонних сил типа imq/ifb
А в варианте с native-vlan ограничение трафика становится более интересной задачей.