nginx замена символа

Приведи конкретно, что тебе надо.

В общем случае '?' rewrite и location не ловятся.

Если надо заменить параметр, то например:

if ($whatever_arg = 2) {
   set $whatever_arg 1;
}

или

if ($whatever_arg) {
   set $whateverelse_arg $whatever_arg;
}

мне надо заменить именно символ '?' на %3F

Всё равно не понятно что и зачем оно нужно.

Ну, может быть (не проверял):

if ($isargs) {
    rewrite ^ $request_uri%3F$args;
}

Не надо. Согласно RFC, '?' в URL отделяет запрос. Если в URL надо передать '?', то он кодируется в '%3f'.

Или ты нам что-то недоговариваешь?