DNS, OpenVZ, маршрутизация

Настройки фаервола на 192,168,0,3 сервере какие?

Открыты порты 53, 80, 389, 1812, 3389 (это виндовый хост)

Проверь, для каких адресов они открыты и посмотри маршрутизацию на 192,168,0,3 - он у тебя может ответный трафик гнать не туда.

Открыты для всех, ограничений по источнику не стоит.

На хосте таблица маршрутизации:

IP              Шлюз            Маска
192.168.0.0     *               255.255.255.0
*               192.168.0.1     0.0.0.0

А на контейнере? Как у него прописана маршрутизация, какие правила натянуты на него гипервизором?

На контейнере

192.168.0.0     *               255.255.255.0     U     0      0        0 veth0
default         192.168.0.1     0.0.0.0         UG    0      0        0 veth0

Контейнер имеет доступ в сеть через мост на гипервизоре. Мост один на все контейнеры, адреса они получают по DHCP от роутера, гипервизор в это не вмешивается

Бред какой-то. У меня такая же схема включения, только не вендовый комп, а линуксовый, но с контроллером домена.

Покажи маршруты контейнера при днс 192.168.0.3 и 192.168.0.100

Только контейнеры не видят днс? Сервера видят?

Попробуй в качестве днс использовать роутер.

Попробуй добавить вручную маршрут к 192.168.0.3.

Маршруты, как ни странно, одинаковые.

Да, не видят только контейнеры, сервера видят.
Роутер не умеет работать как DNS, к сожалению.

Если добавить маршрут вручную - видит (работает), но после ребута опять перестает

Внезапно, свежая виртуалка с центосью прекрасно видит все хосты, а старые так и игнорируют и .0.3, и .0.100. Роуты при этом одни и те же