Сохранение всех conf файлов с иерархией папок

rsync :)

tar cf /var/backup.tar /etc

плюсую и можно добавить еще базы, /var/log и прочие радости, запихать в скрипт и в конце поставить скрипт заливать всю фигню чем-нибудь на бэкапный сервак. Скрипт в крон.

либо rsync

git