Перезагрузка jessie с виртуалками на борту.

Пробуй логиниться как root@. Других юзеров пускать не будет как минимум из-за /run/nologin (это что касается «не пускает до окончания ребута»).

А что касается вышибания при шатдауне — можно попробовать поставить DefaultDependencies=false (и вручную добавить Requires=basic.target, After=basic.target) в юните sshd (или sshd@, если у тебя sshd сокет-активируемый). В последнем случае ещё на .socket-юните то же самое для sysinit.target, чтобы оный сокет не выносило.

libvirt умеет суспендить виртуалки перед выключением хоста
и пробуждать при включении
просто настрой приоритеты
спасибо лене, что он успел добавить этот функционал в сустемд до того, как дебиановцы зафризили пакет

суспендить

Вот, кстати, мне эта хрень досаждает. На одном из хостов одна (ОДНА) виртуалка падает почему-то именно в pmsuspend. И, сдаётся мне, ребут хоста приводит к неккоректному завершению этой машины, в конце-концов. Не уверен.