crontab -e из под рута не сохраняет изменеия

а EDITOR какой стоит? попробуй EDITOR=mcedit crontab -e

А Вы как выходите ? 
crontab -e
далее :w 
затем :q

Так и делал, под простым пользователем сохраняет настройки, а под рутом нет, если никто не знает то придется выкручиваться с помощью sudo

попробуй :set bkc=yes

Спасибо, помогло, а за что отвечает эта опция?

Нельзя ли поподробнее ? Что вы пытаетсь запустить по cron-у ? А также crond --version , vi --version , в логах что видно ?

Версия крона 2.3.3, версия вим 6.2.98 настраиваю запуск бекапа и проверку квот, тут ужк подсказали что надо сделать чтобы заработало.

>а за что отвечает эта опция?

За это отвечает :help. Есть более красивое решение - в :set что-то-там (не помню точно) можно отключить сохранение бекапных копий для временных каталогов. Ещё красивее было бы заставить crontab(1) правильно открывать файлы.