Вкратце - при установки приложухи (конкретно - Atlassian Confluence 5.9.3) понадобилось обновить жябу с idcedtea 7.x до oracle 8.x.
При обновлении эта YAYня похоже не сформировала keystore для CA сертификатов, так что теперь интеграция с жырой по https://jira.domain.com вываливается к пинусам собачьим по ошибке проверки сертификата. Сертификат китайский халявный, с нормальным CA, браузеры его признают, да и старый конф при старой жаве признавал.
Собссно, что делать и куда копать? В жябе разбираюсь как свинья в лепесинах.