Named bug.

Поставь 9.1.3
Намного меньше всякого гемороя будет.

Насколько мне известно 9.1.3 не встанет на ядро 2.1.* Или я не прав?

И в чем все-таки причина моей проблемы?

Могут ли named забросать запросами настолько, что он пожирает все ресурсы... Или это из-за чего-то другого происходит?

В версии до 8.2.2 какойто была дыра приводящая к возможности DOS атаки. А ниже 8.2.3 дыра позволящая взять как бы не рута, поэтому срочно обновляйся.

> Насколько мне известно 9.1.3 не встанет на ядро 2.1.* Или я не прав? 

Точно не знаю встанет ли bind 9.1.3 на ядро 2.1.х,
я ставил на 2.2.14, все работало и работает. 
Чтобы поставить 9.1.3 на 2.2.14 понадобилось компилять его (bind)
без поддержки multithreads.

выдержка из README
...
To build without multithreading, specify "--disable-threads" on the configure command line.
...

Опосля этого все заработало, даже с параметрами -t и -u, то есть в чруте и не под рутом.

2. chroot bind9.1.3: 

named -t /chroot 
где /chroot отдельный раздел или 
named -t /var/chroot 

Но, сначала создаешь в /chroot дир-ии /etc & /etc/named 
копируешь /etc/named.conf & localtime в /chroot/etc 
/etc/named/*.* в /chroot/etc/named