Как настроить apache, чтобы не отвалилось старое и работало новое?

Ничего с апачем мутить не надо, заместо полных путей используй относительные при указании путей до JS скриптов, css и прочего.

<script src="/js/jquery.min.js"></script>
<script src="/js/jquery.dataTables.js"></script>
<script src="/bootstrap/js/bootstrap.min.js"></script>
<script src="/bootstrap/js/bootstrap-datepicker.js"></script>
<script src="/js/bootstrap-formhelpers.js"></script>
<script src="/js/main.js"></script>
<script src="/js/tableHeadFixer.js"></script>

Да я вроде их и использую. Просто в моем проекте (на рабочем сервере) DocumentRoot был как раз корневой каталог сайта, а сейчас, корневой каталог «выше», т.е. не tabgraf. Мне кажется, что проблема в этом, но я могу ошибаться, конечно.

Ты используешь полный путь, символ «/» в адресе до срипта

src=«/js/jquery.min.js»>

указывает, что файл jquery.min.js нужно искать от DocumentRoot в директории js, т.е. DocumentRoot/js/jquery.min.js. Заместо этого пути указывай относительный путь, т.е. путь относительно места расположения html страницы.

К примеру, если у тебя этот код находится в index.html, которая расположена по адресу

/var/www/html/tabgraf/index.html

/var/www/html/tabgraf/js/jquery.min.js

src="/js/jquery.min.js">

src="js/jquery.min.js">

Сходи на wikipedia и почитай, что такое полный (прямой) путь до файла и относительный.

Вообще это нонсенс использовать прямые пути заместо относительных.

Удачи.