Нечаянно очистил php.ini

Качать пакет и вытаскивать php.ini оттуда?

ЗЫ: http://pastebin.com/LKQagPTy юзай на здоровье. Только у меня убунта 16.04 и php7, если что

<?php phpinfo(4); ?>

Наверное.

Что делать?

Бекапы и версионирование конфигов

А файл сильно кастомный? С моего опыта - там у всех клиентов практически дефолт, разве что лимиты и часовой пояс проставлены нужные, ну может уровень ошибок ещё. Если так - можно выдернуть его откуда-то, или вообще просто PHP переустановить.
Если дело на хостинге с ISPmanager 4/5, можно вообще просто в разделе Возможности нажать Включить на РНР - оно пересоздаст стандартные конфиги.

переустанови пакет который отвечает за php.ini. Вроде это php5-common