Есть мнение, что это из-за gpt

Так как при размере сектора 512 байт невозможно разметить диск более чем на 2Тб через mbr, там наверняка разметка gpt. А она лежит как в начале, так и в самом хвосте диска. Наверное, вы потеряли/не записали ту часть, что в хвосте, теперь разделы не видны. Если знать смещения, размеров и типы разделов, можно разбить диск при помощи parted или gdisk, например.

Данные на разделе не потеряются в этом случае? Как это сделать, можно на примере?
Вывод parted для 3 и 4 Tb.

Разбивка из инструкции по восстановлению.

5. Создаем новые разделы:
mklabel gpt
mkpart primary 528M 2576M
mkpart primary 2576M 4624M
mkpart primary 16M 528M
mkpart primary 4828M -1M
mkpart primary 4624M 4724M
mkpart primary 4724M 4824M
mkpart primary 4824M 4826M
mkpart primary 4826M 4828M
set 1 raid on
set 2 raid on
quit

Так же есть образ, который записывался на диск.

Насчёт данных — угробить вроде вы их не должны,

Только я не очень понял, у вас это устройство на постоянной основе слетает и вы его через эту коробку восстанавливаете, или это первый раз конкретно с этим 3Тб-устройством, а раньше вы восстанавливали какие-то другие? Вопрос к тому, где начинается ваш раздел с данными, там же, где и в приведенной вами инструкции, или там же, где в 2Тб устройстве.

Только я не очень понял, у вас это устройство на постоянной основе слетает и вы его через эту коробку восстанавливаете, или это первый раз конкретно с этим 3Тб-устройством, а раньше вы восстанавливали какие-то другие?

Восстанавливаю переодически это устройство. Необходимость обычно возникает по причине кривизны рук или памяти(например забытый пароль root). Обычно я восстанавливал систему из образа 2Tb, с потерей всех данных т.к. так быстрее и проще. Сейчас задача информацию как то сохранить.
Образ 2Tb беру отсюда

На самом деле ОС на 2TB и 3TB версия не отличаются. На ixbt случаем не заходил за образом и скриптом для раскирпичивания?

подключен через юсб-бокс

Бокс понимает диски больше 2,5TB?

Кстати, на разделе с данными там какой размер блока? На MBL был 64 килобайта, тут по идее должен быть 4.

образом и скриптом для раскирпичивания?

Разве это поможет в данном случае?

Бокс понимает диски больше 2,5TB?

Вполне возможно что нет. Буду надеятся что причина в этом.

Подскажите корпус под 3,5 WD Red WD40EFRX 4TB.
Tthermaltake Silver River 5G USB 3.0 его не видит. 

То есть я верно понял, что у вас на 3Тб диске разметка от 2Тб?

Ну, а что нам говорит fdisk и parted, например, на тему того, что там на нём за разделы? Вы ведь ещё не успели данные грохнуть заливкой образа?

То есть я верно понял, что у вас на 3Тб диске разметка от 2Тб?

Да. Размер раздела с данными потом скорректировал на устройстве.

[root@localhost one]# parted -l /dev/sdc
Модель: ATA APPLE SSD SD0128 (scsi)
Диск /dev/sda: 121GB
Размер сектора (логич./физич.): 512B/4096B
Таблица разделов: gpt
Флаги диска: 

Номер  Начало  Конец  Размер  Файловая система  Имя               Флаги
 1     1049kB  106MB  105MB   fat32             EFI System        загрузочный, esp
 2     106MB   121GB  121GB   xfs               Linux filesystem


Ошибка: /dev/sdc: метка диска не определена
Модель: asmedia ASMT1053 (scsi)                                           
Диск /dev/sdc: 3001GB
Размер сектора (логич./физич.): 4096B/4096B
Таблица разделов: unknown
Флаги диска: 

[root@localhost one]#

Брррр. Тогда давайте всё по порядку

Вы залили на диск образ от системы на 2Тб, получили MBR разбиение (не умеющее в размер более 2^32 секторов на диске), а как скорректировали размер и до какой величины? И дайте, пожалуйста, вывод fdisk -l для вашего диска в коробке? Что-то мне кажется немного странным...

Врятли mbr. Думаю девайс понимает только правильно развеченный gpt.

[root@localhost one]# blkid
/dev/sda1: UUID="0523-A2F3" TYPE="vfat" PARTLABEL="EFI System" PARTUUID="acb153e9-630d-4b88-95d7-25d448572099"
/dev/sda2: UUID="e5359815-fcd8-4863-8549-75bf76a10a14" TYPE="xfs" PARTLABEL="Linux filesystem" PARTUUID="83e9cae6-0b57-42a5-bbc6-d44ba476a3f1"
/dev/sdc: PTTYPE="PMBR"
[root@localhost one]# fdisk -l /dev/sdc
Диск /dev/sdc: 2,7 TiB, 3000592982016 байт, 732566646 секторов
Единицы: секторов по 1 * 4096 = 4096 байт
Размер сектора (логический/физический): 4096 байт / 4096 байт
Размер I/O (минимальный/оптимальный): 4096 байт / 4096 байт
Тип метки диска: dos
Идентификатор диска: 0x00000000

Устр-во    Загрузочный начало      Конец    Секторы Размер Идентификатор Тип
/dev/sdc1                   1 4294967295 4294967295    16T            ee GPT
[root@localhost one]# `

А! Ну вот и ответ.

Да, был неправ про mbr. Но дело не в этом. Ваша коробка — одна из «шибко умных». Она, когда видит диск объёмом более 2ТБ, делает вид, что этот самый диск имеет размер сектора не 512, а 4096 (8 секторов). Получаем вместо около 5900000000 секторов — 732566646 секторов на диске. При этом, т.к. вся разметка имеет единицу измерения 1 сектор, вы ничего и не видите, потому что смещение 1 сектор в вашей ситуации — это 8 секторов в ситуации «диск подключен через SATA или коробку без подобных выкрутасов». Плюс таких коробок один: можно работать через MBR с дисками более 2 Тб, НО — только в этой коробке. Решение: меняйте коробку или подключайте диск через SATA.

Спасибо за разъяснения. Ясна суть проблемы, теперь осталось найти нормальный юсб-бокс.

А на компах свободный SATA вообще нет? Или хотя бы возможности подключить SATA-контроллер в PCI-E как-нибудь?

Нет. К стационарному пк доступа нет, иначе бы не покупал usb-бокс )

Тогда посмотри коробки AgeStar. У меня одна такая стоит с WD RED 3TB внутри.