Для каждого ipv6 адреса запускаете свой 3proxy со своим конфигом.

А каким образом это делается для каждого? например

Создаёте файлы конфигурации:

/etc/3proxy/cfg1

auth strong
internal ipv6-адрес:1
users proxyuser1:CL:password1

/etc/3proxy/cfg2

auth strong
internal ipv6-адрес:2
users proxyuser2:CL:password2

Остальные опции (daemon, nserver, log) какие нужно и запускаете 3proxy дважды:

# 3proxy /etc/3proxy/cfg1
# 3proxy /etc/3proxy/cfg2

Для автоматического запуска делаете файлы в /etc/init.d/ и активируете их через chkconfig. Понятно, что 3proxy, слушающего все ipv6 адреса [::] быть не должно.

3proxy

Можешь подробнее рассказать как поднять 20 прокси с 1 логином и паролем и 30 прокси с другим логином и паролем.

Писать скрипт, который сгенерит нужное кол-во файлов конфигурации и запуска служб (init-скриптов для старых систем и systemd-юнитов для новых). Более подробно — это уж конкретная конфигурация для конкретной системы (дистрибутива), работа для админа, явно не ко мне обращаться нужно.