Высокая загрузка MySQL, как понять от чего?

А какая нагрузка? AvgLoad, диск, проц? Навскидку, ставьте mytop, iotop и смотрите, что там грузит. Без информации о размере базы, движке и пр. трудно сказать.

Капитан говорит, что от запросов. Каков вопрос, таков и ответ.

понять и простить.

# mysql -se 'show full processlist'
mysql> EXPLAIN SELECT ...
mysql> set profiling=1
mysql> show profile for query N
mysql> show profile for query M
...

less /path/to/mysql/dir/your_slow.log