Как влияет количество правил в iptables на пропускную способность?

если не секрет то какого рода правила ??? маски адресов или просто адреса, что они делают да и почему их вообще так много ?

Круто!
Вообще первыми д. стоять правила. обрабатывающие наибольший трафик.

Это такая цепочка большая куда весь формард джампится, а в ней просто маска на IP сетй, сейчас этих сетей около 1500, в цикле по этим сетям формируеются правила для каждой сети:

$IPTABLES -A ALLOW_NETWORKS -d $NETWORK_IP -j RETURN
$IPTABLES -A ALLOW_NETWORKS -s $NETWORK_IP -j RETURN

>маски адресов или просто адреса,
маски

>что они делают

-j RETURN

>да и почему их вообще так много ?
режим зарубежку :)))

Глянь в сторону geo ip модуля. Т.е можно сконвертить свою базу подсетей в его формат. Обойдешся одним првилом. Незнаю, будет быстрее или медленее, не проверял, но точно компактнее.. Так-же, попробуй реорганизовать несколько подсетеи класса С в одну, юзай ip-range.