Активность диска

cat /sys/class/block/sda/stat

А запросы какие в это время выполняются? MySQL любит иногда писать в tmp-таблицы.

разные и сложные,
приложение достаточно больше и путем анализа всего подряд найти проблему не представляется возможным.
Для начала бы вообще понять куда именно идет запись.

что тут можно увидеть?

Вообще проблему видно даже на слейвах, где никаких запросов не выполняется (кроме самой репликации конечно же).

И в очередной раз возвращаясь к теме мониторинга io. Как же найти самые грузящие систему файлы?

sysdig - прямо то, что доктор прописал, спасибо!