Абслолютно неизвестные проблемы

ЧЯДНТ

Не обновил жумлу ни разу за 7 лет например ? Не можешь прогуглить как найти тяжелые запросы ?

С удовольствием бы занялся, но у меня телефон звонит каждые 10 секунд, и по сайту только 1% вопросов...

Как оследить какой запрос вызывает такие фризы?

Если не знаете нюансов, то локализовать проблему можно методом исключения.
Например, скопировав на отдельную виртуалку и протестировав функции по отдельности одним юзером.

не обновляли уже лет 7

Оно разве не дырявое?
Такое нередко ломают, и ресурсы начинает жрать спам-бот или коин-майнинг.

В топе 198% CPU MySQL.

Включите медленные логи.

Поставьте mytop.

В общем сайт на Joomla, <...> которое не обновляли уже лет 7.

@%#^, убейтесь, срочно.

Вырубайте нахер своё решето, задавите жабу и таки оплатите неделю работы «пожарного» админа.

Не обновлять джумлу- это прекрасно!

Включил! Жду...

ошибка в старом самописном модуле или в самом ядре, которое не обновляли уже лет 7

Удоляй. Посмотри slowlog в мускуле. Кстати, боюсь спрашивать, но какие версии всего остального, например, мускула? Ну и настраивал ли там кто-то что-то когда-то хотя бы? В общем, my.cnf в студию.

В православный храм... :-)

Не обновлять джумлу- это прекрасно!

И тогда для полноты картины - с каменными топорами и в звериных шкурах по улице родного города... :)

[root@10200 log]# cat /etc/my.cnf
[mysqld]
pid-file = /var/run/mysqld/mysqld.pid
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
user=mysql
# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks
symbolic-links=0
max_allowed_packet=64M
log-slow-queries=/var/log/slow_queries.log
long_query_time=10

local-infile=0
query_cache_type=1
query_cache_limit=1M
query_cache_size=32M
table_cache=512
thread_cache=32
key_buffer=128M
open_files_limit=8192
wait_timeout=60
interactive_timeout=60
connect_timeout=10


[isamchk]

key_buffer=64M
sort_buffer=64M
read_buffer=16M
write_buffer=16M

[myisamchk]
key_buffer=64M
sort_buffer=64M
read_buffer=16M
write_buffer=16M

[mysqlhotcopy]
interactive-timeout

[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid

И да, на VPS Centos 6.6

Я правильно понял что вся база на MyISAM? Или просто innoDB с дефолтными настройками? Что кстати намного хуже.

Как это определить?

Умывай руки. Так будет дешевле и тебе и заказчику. Я серьёзно.

Но если булки просят горчички и хочешь понастраивать MySQL на проде, то посмотри show table status; Там в столбце Engine кроется ответ.