Делаю по ману https://dev.mysql.com/doc/mysql-utilities/1.6/en/mysqldbcompare.html
mysqldbcompare --server1=root:root@localhost \
--server2=root:root@localhost db1:db2 --changes-for=server1 \
--show-reverse -a --difftype=sql
Поставил mysql utilities 1.6.4 на debian jessie. На дефолтных такой ошибки небыло, но падал питон.
Версия mysql 5.6
Если убрать -a выдает ошибку по таблице FAIL ERROR: The object definitions do not match