Настройка OSPF

чтобы маршруты добавлялись не только в таблицу main

В прошлом и позапрошлом году в quagga-dev@ было про VRF. Попали ли патчи в релиз, когда и в какой - это надо уточнять. Как и синтаксис.

Можно ли как-то сохранять только те у которых есть конфигурация?

Кажется нет. Я просто не использую консольку, а правлю в файлах. Приходится, правда, делать рестарт, но это редко бывает, на самом деле.