другой HWaddr

никак , именно поэтому он и называется "хардваре"

>на eth0:0

Поменять MAC на алиасе eth0:0, на отличный от MAC eth0? Никак, скорее всего.

А для eth0 можно конечно, примеры есть в поиске.

Так что Linux сосет в этом у FreeBSD?

Если во FreeBSD можно делать алиасы MAC адресов обычных интерсейсов (не vlan или что-то такое), то может и "сосет".

Или просто в linux те задачи, для которых это надо, решаются по другому.

ifconfig eth0:1 hw ether 00:00:00:00:00:00 - разве уже не работает?

Для :1, а не вместе с ним и для eth0? У меня - нет.

> никак , именно поэтому он и называется "хардваре"

можно поменять, но только он смениться сразу на всех eth0:X.

ifconfig eth0:1 hw ether 00:00:00:00:00:00

именно так он и меняется но только на eth0 и всех алиасах сразу.

CONFIG_IP_NF_ARP_MANGLE:
Allows altering the ARP packet payload: source and destination hardware and network addresses.

Symbol: IP_NF_ARP_MANGLE [=n]
Prompt: ARP payload mangling
Defined at net/ipv4/netfilter/Kconfig:602.
Depends on: NET && INET && NETFILTER && IP_NF_ARPTABLES
Location:
-> Networking
-> Networking support (NET [=y])
-> Networking options
-> Network packet filtering (replaces ipchains) (NETFILTER [=y])
-> IP: Netfilter Configuration
-> ARP tables support (IP_NF_ARPTABLES [=m])