nginx конфиги

У тебя что-то debian-подобное?
/etc/nginx/nginx.conf — основной конфиг nginx, собственно с ним он и запускается.
/etc/nginx/sites-available/ — директория в которой лежат конфиги отдельных сайтов. Предполагается что конфиги сайтов должны лежать там и конфиг каждого сайта должен быть в отдельном файле. С файлов в этой директории (администратором) создаются симлинки в директорию /etc/nginx/sites-enabled/.
/etc/nginx/sites-enabled/ — директория все файлы из которой инклюдятся в nginx.conf (потому-что в nginx.conf есть директива include /etc/nginx/sites-enabled/*).

Соответственно /etc/nginx/sites-available/default это конфиг дефолтного сайта, а /etc/nginx/sites-enabled/default симлинк на него.

Смысл возни с симлинками в том что-бы иметь возможность быстро (и, при необходимости, автоматически) включать или отключать отдельные сайты, не возясь с комментированием больших кусков конфига.
Вместо создания симлинка можно перемещать конфиг из одной директории в другую. По моему симлинк удобнее, но это дело вкуса полагаю

Спасибо, стало значительно понятнее! Почему-то не заметил что sites-enabled/default это симлинк. А что тогда должно быть в /etc/nginx/conf.d? Сейчас там ничего нет, то из основного конфига идет ссылка на /etc/nginx/conf.d/*.conf

Думаю любые другие конфиги которые надо подсовывать nginx-у. Мало-ли что понадобится. Не знаю, может какие-то пакеты туда что-то кладут

в nginx/conf.d кладут настроики, которые не очень хорошо держать в nginx.conf. и эти настройки читаются после основного конфига, т.е. приоритет выше. можно пользовать для переопределения значений в какой-то scm, вроде ansible или saltstack

Разве nginx умеет в переопределение настроек? Он вроде ошибку при проверке конфига выдаёт если параметр определён дважды. Или для разных значений/контекстов поведение разное?

и верно, проверил - если переопределять в дефолтных контекстах (http,events) - падает.
не очень хорошо, что так.

Сысоев где-то прогонял телегу что мол всякие там переопределения и наследования усложняют чтение конфига и ведут к его лапшефикации. Но что-то я уже не вполне с этим согласен. Надо-бы поискать альтернативу nginx-у с более гибкими конфигами

nginx огонь и бежать особо некуда, но Сысоев не прав, лапша - она в голове, можно и на пустом месте помойку развести.
в мускуле, вон, нормально все переопределяется.
вполне резонное поведение, когда читается основной конфиг, а потом инклюды поверх.