systemd и несколько копий процесса

Можно добавить в /etc/systemd/system файлы mydaemon.service и mydaemon@.service, но они не будут знать друг о друге.

Они и не должны никак друг с другом относиться. Это же разные сервисы с разными именами. Я бы пошёл по другому пути - у вас есть шаблон mydaemon@.service, вот сервисы вида mydaemon@xx.service и считать сервисами, которые управляются через systemd. Для проверки\остановки\перезапуска ВСЕХ этих сервисов, написать шелл-скрипт с циклом внутри

for i in x1 x2 x3; do systemctl status $i; done

Ну или поиграть с зависимостями внутри service-файлов, но как-то мне не нравится идея одного метасервиса, которые включает в себя много мелких шаблонных сервисов.

systemd это не о гибкости. На любую нестандартную задачу тебе предложат переписать свой демон, «потому что он неправильный».

По существу: скажи привет башекостылям.

systemctl start/stop/status mydaemon@*.service

В дебиане так работает

stop/status я понимаю, а как он узнает, какие имена ему нужно при старте подставить?

для старта надо target делать