namespace dovecot

Что поправить в /etc/dovecot/dovecot.conf?

prefix = 

Понимаю, что после перезапуска dovecot ораганизует(создаст) папки по новому и достаточно будет скопировать?

Тут не уверен. Всё-таки глобальное изменение, которое повлияет на всех пользователей. Нужно либо создавать новый сервер и переносить почту на него, либо экспериментировать на тестовом стенде ( со всеми типами почтовых клиентов )

Но насколько я понимаю, изменится только путь к каталогам в ящике. Физически они же останутся и будут доступны, но скорее всего потребуется заново выполнить subscribe

Т.е. prefix не отражается на пути в ФС, только на представление для pop3/imap клиентов. На всякий случай можно проверить параметр location

У меня сейчас так:

# персональные почтовые ящики
namespace {
        type = private
        separator = .
        prefix =
        # location defaults to mail_location.
        inbox = yes
}
[...]
# общие каталоги
namespace {
        type = public
        separator = .
        prefix = Public.
        location = maildir:/imap/public:CONTROL=~/Maildir/public:INDEX=~/Maildir/public
        subscriptions = no
        list = children
}