Как часть трафика пустить в обход VPN?

Если просто IP назначения и любой порт, то добавить в таблицу маршрутизации, что этот адрес назначения доступен не через VPN шлюз (сервер), а через твою шлюз.

Если надо сложнее, то нужно создавать свою отдельную таблицу маршрутизации, в ней маршрутом по умолчанию указывать шлюз провайдера, в iptables макрировать нужные пакеты и перенаправлять на эту таблицу маршрутизации.

Действуя от обратного. Ты должен указать только те ресурсы, которые должны «ходить» через vpn.