Собственно, здесь уже все сказали: после того, как cp -dpRx / /mnt/md2 нормально отработает, достаточно будет выполнить chroot /dev/md2 (то самое «chroot в диск»), после чего там смонтировать новый /boot, правильно прописанный в fstab и установить grub.