Очереной головняк с тем, что исчерпывающих советов нагуглить непросто. То тут, то там, по верхам. docs.fedoraproject.org совсем поломали, ничего не ищется, а гугли индексируют какое-то старье типа fedora 15.
livecd сразу в лес. Это дополнительный гемор, особенно с LUKS. Если уж нижеследующий способ не сработает, значит надо разбираться.
0) Проще всего сделать с помощью /etc/fstab.
Расставь '1' в качестве 6-ого параметра нужный ФС в файле /etc/fstab. Затем, ребутайся, смотри логи.
Это работает и со вторым разделом LUKS, если его ключ располагается на корне. ЖЖ. Как чинить ФС в федоре (комментарий) , спасибо, 
kostik87, за адекватное замечание
Мой изначальный план, приведший к успешному излечению:
1) Делай раз.
sudo vim /etc/default/grub
# добавляй 'fsck.mode=force fsck.repair=yes' к GRUB_CMDLINE_LINUX
2) Делай два.
sudo grub2-mkconfig -o /boot/efi/EFI/fedora/grub.cfg
тут, как обычно в зоопарке, путь '/boot/efi/EFI/fedora/grub.cfg' индивидуален и неповторим. Первая строчка в поиске дает чушь вида 'grub2-mkconfig -o «$(readlink /etc/grub2.conf)»'
если у тебя не EFI, то
sudo grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg
Тут есть где запутаться. Это одно из дебильнейших мест в линксах. Путь к grub.cfg может быть любым на твоей системе. Может помочь sudo find /boot -name grub.cfg
3) Делай три. Ребутайся, смотри логи
journalctl -b | grep "fsck\|File System"
4) Измени в /etc/default/grub на fsck.repair=preen. 'fsck.mode=force' остается, пусть оно чекает и спамит в лог, если найдены проблемы.
Замечание для LUKS
Это отлично работает для единственного раздела LUKS (например, на нем корень и хомяк в lvm (еще и swap, но тут не важно)). Если имеется еще другой LUKS-раздел, который открывается после корня, по ключу, вычитываемому из корня /etc/my-big-store-key, то он проверяться таким способо не будет. Его надо проверить руками уже после загрузки системы, обычным способом - отмонтировать фс, оставить luks открытым, натравить fsck ('fsck -y' что бы поправить ошибки).
Оно так же лечит и XFS? Должно, общий механизм.
