логи юзера

Настроить auditd на нужные объекты.

если система не настроена то кроме .bash_history ничего не будет логироваться?

Из journalctl можно что-то получить.

В логах ftp-сервера и sftp-сервера.

.bash_history

Я легко обойду такую историю, а во многих дистрах уже настроено «изкоробки» не запоминать команду начинающуюся с пробела.

в файле vsftpd.log только история подключений
sftp это же вроде ftp через ssh

тогда где смотреть?
или нужно самому настраивать заранее?

Если не доверяешь, то запирай юзера, например в chroot.

Вот пример настройки http://docs.mirocow.com/doku.php?id=system:chroot_ssh.