как подключиться к впс (Centos7) под суперпользователем если имеются ключи .pem .ppk

Это закрытый ключ в разных форматах. Он может позводить подключаться по ssh к серверу под некоторым пользователем без ввода пароля.

Для этого тебе нужно сегенрировать на основе закрытого ключа открытый (pub) ключ и передать его на сервер в директорию того пользователя которого ты хочешь подключаться по ключу.

Вот пример генерации открытого ключа из закрытого:

openssl rsa -in private.pem -pubout > public.pub

Теперь копируй ключ на сервер:

ssh-copy-id -i public.pub user@remote-server

Всё, теперь можно подключатьяс по ключу без ввода пароля. В Windows нужно настроить управление ключами.

Вот почитай: https://beget.com/ru/articles/ssh_by_key

Так же можешь настроить авторизацию под ключу для учётной записи пользователя root.

В начале нужно включить возможность входа от root через ssh, в файле /etc/ssh/sshd.conf и перезапусти сервер ssh.

Погугли.

по ссылке с бегета нужно сначала создать каталог mkdir ~/.ssh но у меня в консоли выводит вот это: mkdir: cannot create directory ‘/home/centos/.ssh’: File exists

я не в той директории создаю папку?