Как сейчас модно связывать контейнеры между собой?

Сейчас всё делается через docker-compose. Там всё это на уровне конфига разруливается удобно и автоматически.

Не знаю насчет модно, но классический способ - docker-compose с 3й версией. Там линк писать не надо, все сам сделает

docker-compose

Есть какой-нить сервис чтобы преобразовывать нормальные докерные команды в docker-compose скрипт и обратно?

Эмм, черт знает, помоему там все и так очевидно

Можешь сделать, как в кубернетес, через docker run --network=container:<name|id>. Тогда у них будет общий сетевой неймспейс и, соответственно, общий локалхост.

Раньше помню можно было --link сделать между контейнерами, но сейчас все поменялось

Сейчас используется сеть и DNS (только не базовая «bridge», в базовой имена контейнеров не вносятся в DNS).
Т.е. контейнер с базой называете как нибудь «db», а в остальных 2-х контейнерах указываете подключаться к «db:порт».

Если я правильно понимаю, то в последних версиях docker-compose нельзя например ограничить количество памяти или CPU для контейнера.

Если я правильно понимаю, то в последних версиях docker-compose нельзя например ограничить количество памяти или CPU для контейнера.

https://docs.docker.com/compose/compose-file/#resources

deploy:
  resources:

Это же только в swarm-режиме работает.

cpu_shares, cpu_quota, cpuset, mem_limit, memswap_limit: These have been replaced by the resources key under deploy. deploy configuration only takes effect when using docker stack deploy, and is ignored by docker-compose