Как продлить SSL сертификат на VDS?

Ctrl+F5.

Это в браузере нажимать? Если да то все равно сайт открывается со старым сертификатом.

Ну тогда проверяй, прописан ли сертификат, лежит ли он где надо. И не стоит ли nginx фронтом, в этом случае SSL нужно добавлять не в apache.

nginx не установлен. А где должен лежать сертификат и где должен быть прописан?

Конфиги apache читать умеешь? Вот и лезь туда и смотри путь к каким файлам сертификата и ключа прописан: к старому или к новому. Ещё сам файл сертификата проверь какой у него срок истечения.

Веб сервер у меня apache2. Где что должно быть прописано?

grep -ir ssl /путь/к/конфигам/апача

Путь нагуглишь в документации для твоего дистрибутива. Обычно это либо /etc/httpd, /etc/apache или /etc/apache2, но могут быть и другие варианты...

Дистрибутив у меня Ubuntu 16.04 Конфиг апача находиться в /etc/apache2 Вот что находиться в файле конфигурации, почему то там в обще нету путей для SSL сертификата.

This is the main Apache server configuration file.  It contains the
# configuration directives that give the server its instructions.
# See http://httpd.apache.org/docs/2.4/ for detailed information about
# the directives and /usr/share/doc/apache2/README.Debian about Debian specific
# hints.
#
#
# Summary of how the Apache 2 configuration works in Debian:
# The Apache 2 web server configuration in Debian is quite different to
# upstream's suggested way to configure the web server. This is because Debian's
# default Apache2 installation attempts to make adding and removing modules,
# virtual hosts, and extra configuration directives as flexible as possible, in
# order to make automating the changes and administering the server as easy as
# possible.

# It is split into several files forming the configuration hierarchy outlined
# below, all located in the /etc/apache2/ directory:
#
#       /etc/apache2/

на самом деле это выглядит как издевательство и с такими вещами лучше бы в /job/.

это не тот конфиг. certbot-auto --apache в процессе должен предлагать исправить конфиги. давай логи от certbot-auto.

Не вижу выхлоп команды grep, которую я тебе прислал