одного пользователя и того же пользователя для trunk и peer

покажи как они прописаны

Тут строка регистрации:

register => SAMVOIP:password@192.168.2.72/SAMVOIP

А вот пир:

[SAMVOIP]                                     
type=friend                                       
context=DLPN_dialplan                                                         
host=dynamic                                                             
username=SAMVOIP                                        
secret=password                                        
nat=yes                                                     
canreinvite=yes                                        
qualify=1000                                                                                
;insecure=invite,port  

SAMVOIP

Но фактически это разные или одна и та же станция?

Не понятно зачем host=dynamic если вы регистрируетесь на вполне конкретном 192.168.2.72. А если ip-адреса с обоих сторон известны и они статические, то и регистрация не нужна. Короче, не понятно.

Фактически - одна станция.

И одна из них за натом или это просто копипаста?

nat=yes                                                     
canreinvite=yes

Схематично изобразите что и как подключено.

Короче, не понятно.

Откровенно говоря, я и сам пока не очень хорошо улавливаю общую схему работы этой связки (всего 3 астера, все 3 регистрируются друг у друга, звонки ходят через один из них, и т.д.), разбираюсь самостоятельно.

Нашел инфу, что если есть опция qualify=yes или qualify=[0-...], то должны посылаться пакеты OPTIONS, для поддержания соединения. Однако этого не вижу на сервере с pjsip.

Вообще транк переходит в такое состояние нечасто, но интересна причина возникновения проблемы.

всего 3 астера, все 3 регистрируются друг у друга

Если ip статические и известны, то регистрация не нужна (в общем случае). Дальше нужно разбираться - если между ними NAT или нет.

qualify нужен для поддержания NAT-таблицы и проверки зарегистрированных пиров.

https://pic4a.ru/94/4KT.jpg

Схема примерно такая. На участке 0.79 — 2.72 как раз одинаковый юзер для пира и транка.

А регистрируются они через впн, через внешний ip они друг к другу не ходят.

Так NAT есть или нет? Если нет, то достаточно такого:

chan_sip:

[SAMVOIP]                 
host=192.168.2.72     
type=friend           
context=DLPN_dialplan        

pjsip:

[aster]
type=endpoint
context=aster-in
aors=aster

[aster]
type=aor
contact=sip:192.168.0.79 

[aster]
type=identify
endpoint=aster
match=192.168.0.79