ntpd не синхронизирует время при расхождении выше некоторого порога. Следует установить время приблизительно, потом ntpd доведёт до точного.

Отключал демона, делал ручную синхронизацию через ntpdate. Устанавливал аппаратное время по системному, выглядело всё ок, но после активации ntpd синхронизация не происходит, а системное время начинает отставать, за 4 минуты примерно на 20 секунд.

ntpd не синхронизирует время при расхождении выше некоторого порога.

Не так давно в ntpd (который ntp) завезли опцию --panicgate. Но завезли ли этот ntp в CentOS6 - это не в курсе.

ntpd 4.2.4p8@1.1612-o

Наверное не завезли panicgate: вроде как с 4.2.8 есть.

после активации ntpd синхронизация не происходит

ntpq -p что показывает?

а системное время начинает отставать, за 4 минуты примерно на 20 секунд

А если не запускать, то не уходит? Или всё равно бежит?

ntpq -p вывод в шапке.

Если не запускать ntpd, то системное время также начинает отставать.

Подозреваю, что если системные часы идут процентов на 10 медленнее, чем должны, то ntpd не спасёт.

Тогда что, по вашему мнению, может помочь?

Паяльник, отвертка, ну или крупноблочная смена оборудования. Можно наверно и специальный вариант ядра собрать, но насколько его хватит - если частоты генераторов на материнской плате бродят как хотят....

заюзай chronyd

ntpq -p вывод в шапке.

Тогда надо изучить www.linux.org.ru/help/lorcode.md
а то не разобрать, что оно даже есть.

В представленном выводе видно, что не наступила синхронизация ни с одним сервером, чтобы начать её уже использовать. В первой позиции должны появиться символы +/-/*, это будет означать, что у ntpd наступила готовность работать.

Тогда что, по вашему мнению, может помочь?

Может быть заменить батарейку. Хотя, по идее, она не должна быть нужна, когда есть питание.

Про символы то понятно, суть моей проблемы именно в том, что синхронизация не происходит, и что нужно сделать, что это случилось.

Дело не в хардварных часах и уж точно не в батарейке. Они важны только тогда, когда комп выключен. ОС ведет собственный учет времени, и ей глубоко насрать, что там в зардварных часах. Они хреновые по определению - там время хранится лишь с точностью до 1 секунды, и они почти всегда убегают или отстают (именно для этого придумали всякие /etc/ajtime).

Для начала - поправить форматирование, чтобы пост можно было читать. Я бы помог, но читать невозможно. Сам-то пробовал его читать?

Дело не в хардварных часах и уж точно не в батарейке. Они важны только тогда, когда комп выключен.

Нет, не только. Но не всегда, а в зависимости от реализации железки. У тебя у тебя никогда

# cat /proc/interrupts | grep "^ *0:"
  0:         46          0   IO-APIC   2-edge      timer

Действительно, не встречал. Но часы ведь не убегали на такой системе?
ОС обычно TSC или HPET используют в качестве источника времени, а не 8254.

Поправил немножк

Попробуй так:

service ntpd stop
ntptime -s 0 -f 0
Вручную синхронизируй время с помощью ntpdate как делал раньше
service ntpd start

В принципе, все что, ты делал раньше, только не хватало одного шага - сбросить состояние дисциплины времени в ядре (NTP есть в ядре).
Дай ему устаканиться - нужно будет некоторое время, чтобы ntpd пришел в себя.

А точно рос счетчик именно нулевого прерывания?
Может, все-таки восьмого (real-time clock)?
Если восьмого, то это объяснимо - RTC программируется через порты 0x70 и 0x71, а к этим портам как раз подключена CMOS-память. При дохлой батарейке в CMOS оказывается всякая ересь, способная запрограммировать RTC на генерацию частых прерываний.

А точно рос счетчик именно нулевого прерывания?

Точно. Вот даже нашёл, что сохранял:

0:     683342    XT-PIC-XT        timer