синхронизация папок

чет не понял его логики

Впечатление что наугад что то меняет

Не он наугад что-то меняет, а ты наугад запускаешь его с рандомными параметрами, надеясь, что это поможет. Читал басню «Обезьяна и очки»? Думается мне, это про тебя.

Как мне это синхронизировать? по времени или размеру.

А если тебе понадобятся изменения из обоих? Смержить их поможет только какая-нибудь VCS.

записал папку с другово компа на флешку она папка аналогична той что у меня на компе. только изменения по времени разные в разных файлах у компов. то есть есть к примеру 3 файла. Один я на работе поправил, другой дома, третий одинаковый.

Тут я ни про мамку, ни про компы не понял. Но лучше не пытайся ничего объяснить, будет только хуже.

/usr/bin/rsync -av4 --partial --partial-dir=.rsync-partial rsync://root@localhost/backup/ /home/archive