Проблема с ntp Centos7

«NTP WARNING: Server has the LI_ALARM bit set, Offset 0.582827 secs»
14 Jun 13:54:54 ntpd[54722]: 0.0.0.0 c61c 0c clock_step +0.588506 s

При нормальном функционировании ntpd такого наблюдаться не должно, разве что после пары недель автономной работы

Может это в виртуалке с часами что-то не то ?

Еще можно попробовать заюзать systemd-timesyncd вместо ntpd

https://wiki.archlinux.org/index.php/systemd-timesyncd

Возможно что-то с таймерами в виртуалке. И ещё, так как мы не знаем про вашу виртуалку, она может брать время от хост системы, сравните с хостом.

При выполнении ntpstat получаю:

Это какая-то rh* производная похоже. Что показывает ntpq -pn ?

После отключения службы, выполнения ntpdate,

В копейке ntpd c -g запускается, смысла в ntpdate особого нет, сам быстро подведет часы.

ЗЫ
ntpd падает после 1000 секунд расхождения, при 0.5 должен продолжать работать.

Типичное поведение NTP в виртуалках. Вместо NTPD поставь chrony.

Плюс chrony - он в способе корректировать разбежки в 200 раз большИе чем NTPD, причем не только во время старта, а всегда.

Виртуализация какая? Если вмваре, то вмваре тулза иногда пытается синхронизировать время об хост и всегда это делает при запуске вмваре тулзов.

Проверить так: ntpq -pn; systemctl restart vmtoolsd; ntpq -pn

Если другая виртуализация, то возможно действует аналогично.

И эта, как его... На хосте время синхрится обо что-нибудь?

Сколько NTP-серверов указано в /etc/ntp.conf?

Плюс chrony - он в способе корректировать разбежки в 200 раз большИе чем NTPD, причем не только во время старта, а всегда.

С учетом описанного в топике, можно и ntpdate в крон раз в минуту прописать 17ms раз минуту вполне нормально будет.