Есть разные директории:
/usr/lib/
/usr/lib64/
/usr/libx32/
Первые две директории описаны тут
Последняя директория нужна для архитектуры x32
В интернете советуют:
To see where pkg-config (version 0.24 or later) searches for installed libraries by default, use the following command:
$ pkg-config --variable pc_path pkg-config /usr/lib64/pkgconfig:/usr/share/pkgconfig
И если с директорией /usr/share/pkgconfig вопросов нет - она платформонезависимая, то вот с первой директорией вопросы есть.
Как будет работать .ebuild, который опирается на automake, которая использует pkg-config, в случае установки для нескольких платформ (x64, x32)? Ведь pkg-config один на всех и установлен он в /usr/bin.