Сейчас вопрос не актуален, но недавно я на этом потерял кучу времени и не решил задачу.
Пробовал Clonezilla, Acronis, бесполезно, ни Windows ни Linux не грузятся после этого.
Почему это происходит я понял, в общем, но что с этим делать не знаю.
P.S. пробовал так же клонировать диск с установленной VMWare, результат тот же.