апгрейд с 5.2 до 6

Никаких проблем не было - офф. мануал помог https://www.zabbix.com/documentation/current/ru/manual/installation/upgrade/packages/debian_ubuntu

Потом апгрейднул timescaledb,чтобы убрать warning из логов постгреса, что мол старая версия timescaledb

https://docs.timescale.com/install/latest/self-hosted/installation-debian/#install-self-hosted-timescaledb-on-debian-based-systems

Апгрейд до 6 версии, в основном, сводится к апгрейду версии БД, которая используется в качестве основной. Хотя вроде это можно и скипнуть в конфигах, но не рекомендуется.