Читать доку про System V Init

В /etc/init.d лежат скрипты запуска про запас; чтобы они реально стартовали, надо создать на них симлинки из директории по имени rc[2-5].d (не знаю, где они в Дебиане; у меня в Альте в /etc/rc.d).

Симлинк имеет вид S<две цифры><имя сервиса>. Цифры определяют порядок загрузки.

Да, если машина -- сервер, то скорее всего нужна директория rc3.d, если десктоп -- rc5.d; я у себя дома копирую и туда и туда -- мало ли что.

Цифра -- это runlevel, runlevel по умолчанию можно посмотреть в /etc/inittab.

Возможно, правда, что для этого таки-есть софт, но я уж руками, по-старинке.

man update-rc.d

> man update-rc.d

имхо ему больше подойдет apt-get install sysv-rc-conf

Не знаю как сейчас в Debian-е, но когда это все было в /etc/runlevel.conf

rcconf