Debian-архив с проверкой пользователя.

Может проще не http а ftp?

А чем проще? там netrc что ли работает?

Да вот так и сделать. У меня часть репозитариев закрыта паролем.

Только надо иметь в виду, что если у тебя один и тот же хост и с паролем, и без, то апт может попытаться в рамках одного коннекта скачать и то и то и обломается. Так что я завел у себя алиасы mirror и mirror-passwordprotected, ведущие в одно и то же место.

Я не совсем понял, как именно :)

Если, допустим, пользователю A доступны пакеты X и Y, а пользователю B -- X и Z. Как быть в этом случае?

получается, что для каждого пользователя должен быть заведен отдельный раздел в репозитории (компонент) со своим Packages.gz, где и указаны для A -- X и Y, а для B -- X и Z. При этом X, Y и Z лежат отдельно в пуле.
Это правильная мысль или есть лучше варианты?

Но при этом мне остается непонятным, как сделать так, чтобы A попадал в свой раздел, а B -- в свой?