Как ПРАВИЛЬНО настроить автоматическое обновление системы?

я так понял, если изменения не вносить, то обновления должны автоматом прокатывать.

все зависит от того что делает postinstall но я бы не стал рисковать. общую систему можно а вот сервисы не стал бы, только наглядно. но точно не помню. проверь установи тот же proftpd и потом сделай апдейт и посмотри что стало с конфигом, но по уму не должен его заменить.

yum update

Не нравится мне эта порочная практика автоапдейтов...

в чем плюсы yum update ясно, простота, а вот в чем его минусы?

ну я думаю что минусов непосредственно в самой системе пакетов нет, а вот что делает пакет после установки уже зависит уже от самих пакетов.