это что, файловая система начала сыпаться?

Если dmesg ничего интересного не показывает то врядли. Сделай ldd host и пройдись по библиотекам зависимостей - может линк на либу где-то сбился.

Скорее память.

Может и винт. А может просто жарко серваку. У меня бывала такая ерунда. Как-то само собой проходило. А может просто мой сервер хакнули а потом пофиксили, а я и забил на это дело. :)